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重庆南川金佛山中医院妇科是以妇科肿瘤为优势的学科，尤其重视妇科肿瘤的诊断、治疗，并以中医治疗为学科特色，对于女性乳腺、宫颈、卵巢、宫体、外阴等部位的各种妇科肿瘤，以中医特色治疗手段制定个体化诊疗方案。
肿瘤科是重庆南川金佛山中医院重点科室之一。
重庆南川金佛山中医院内科主要开展各种肿瘤个性化治疗、对肿瘤疼痛的治疗以及肿瘤疑难病例的诊断和治疗。治疗病种包括肺部肿瘤、肝部肿瘤、肠部肿瘤等各种肿瘤的内科治疗。科室在多专家联合会诊的前提下，遵循规范化、个体化的肿瘤综合治疗原则。 肿瘤内科以国学经典的循症医学为依据，采用科学的诊疗仪器，肿瘤内科住院病房环境宽敞、温馨、舒适。
中医科，是重庆南川金佛山中医院最具中医特色的科室之一，科室以《黄帝内经》、《伤寒杂病论》等中医经典理论为学术指导思想，对诸多名中医经验兼容并蓄，诊治多种专科疾病。中医科医护团队中医经典理论功底扎实、临床经验丰富、医德医风良好。科室中医特色气氛浓厚，在“以人为本”的整体治疗理念下，着重突出中药和各种中医特色疗法的综合运用，特色鲜明。 中医科充分发挥中医中药简、便、验、廉的优势，运用中医药膳、心理舒缓、经络疏通等中医养生方法指导亚健康状态人群养生及治未病调理，建立了一套预防、保健、治疗、康复、养生的综合临床研究体系。
